Aby powstrzymać chaos utrzymujący się po śmierci osoby stojącej za tym wszystkim, która wywołała największy, najokrutniejszy incydent w historii ludzkości, utworzono organizację zwaną Fundacją Przyszłości.
Nowy członek, Misaki Asano, pracująca jako badacz w jednostkach od Specjalnych Badań Zbrodni 6 Dywizji, miała zbadać niedorzeczne zbrodnie. Wraz ze swoim partnerem, Takumim Hijiriharą muszą stawić czoła rozpaczy. Najdziwniejszym przypadkiem jest Killer Killer, seryjny morderca, który zabija innych morderców.
Tom 1 przedstawia Takumiego zamordowanego w podobnym stylu do śmierci Sayaki Maizono.
Tom 2 przedstawia Misaki związaną przez sznurki, przypominając śmierć Chihiro Fujisakiego.
Tom 3 przedstawia Takumiego na tronie, mając na głowie koronę Junko Enoshimy.
Znajdują się pewne nawiązania do morderstw przedstawionych w Danganronpa: Trigger Happy Havoc w rozdziale 3, w którym Eiichirō Saiyama rysuje mangę o Tragedii, opartą na faktach:
W pokoju z ciałami Eiichirō, dwie ofiary zostały zawieszone na sznurkach, podobnie do ciała Chihiro Fujisakiego.
W jednej ze stron Eiichirō, ciało jest ułożone w podobny sposób do ciała Sayaki Maizono.
W kolejnej stronie Eiichirō, widać śmierć Mukuro Ikusaby, a później jest naśladowana, kiedy Takumi Hijirihara morduje Eiichirō.
Maska Sparkling Justice, seryjnego mordercy, wspomnianego w Danganronpa 2: Goodbye Despair, jest ukazana w pokoju Eiichirō Saiyamy w Rozdziale 3. Ponieważ nie ukazano tożsamości Sparkling Justice, istnieje możliwość, że Sparkling Justice i Killer Killer to ta sama osoba, gdyż oboje posiadają te same M.O. (mordowanie innych morderców) oraz nazwa Sparkling Justice w oryginalnym japońskim wydaniu Danganronpy nosi nazwę Kirakira Seigi (キラキラセギ). Jednakże, nie wiadomo czy był świadomy zabieg, czy po prostu nawiązanie.
